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ANATOMIA VEGETAL PARTE I: células e tecidos
R$ 116,00


  LIVROS TÉCNICOS >>> Diversos
 
MÉTODOS DE ANÁLISE FILOGENÉTICA
 
MÉTODOS DE ANÁLISE FILOGENÉTICA     
  
Por: R$ 60,00 
 
 

   
   
   

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Descrição
Esta obra representa a experiência acumulada de anos de ensino da disciplina “Métodos de Análise Filogenética” na Universidade Federal do Pará e em inúmeros cursos ministrados em outras instituições de ensino superior do Brasil. A versão atual não tem pretensão de ser um livro teórico sobre Filogenia. Ela visa introduzir o aluno de pós-graduação e o pesquisador iniciante nas ferramentas de análise filogenética mais usadas e mais atuais. O intuito foi o de colocar métodos sofisticados como Paup*, RAxML, MrBayes, Beast e outros ao alcance de todos em uma linguagem simples, objetiva e precisa.

Esta edição está extremamente didática e contém fundamentação teórica que subsidia as práticas propostas de forma que os iniciantes na área da Sistemática Filogenética têm nele um guia essencial para suas análises nos programas mais utilizados para a produção de árvores filogenéticas, estimativas de divergência nucleotídica, de tempo de divergência, testes de monofília etc. [Profa. Dra. Simôni Santos -IECOS, UFPA]

“O texto resume a capacidade do autor em expor o seu conhecimento do assunto em sala de aula. Literalmente, este trabalho é uma aula em forma de livro” [Prof. Dr. Marcelo Vallinoto - IECOS, UFPA],

Este livro orienta iniciantes e pesquisadores experientes no aprofundamento de métodos, programas e plataformas de análise de dados moleculares para que se possa explorar o máximo de informações biológicas e gerar resultados de qualidade sobre os diferentes táxons no âmbito da biologia comparada. [Profa. Dra. Janice Muriel-Cunha- IECOS, UFPA]

“É um exaustivo apanhado dos softwares mais utilizados para análises filogenéticas. Exemplos e dicas são fundamentais para estudiosos de filogenias e suas aplicações” [Jeferson Carneiro - Doutorando em Genética e Biologia Molecular, UFPA].

“É um livro muito robusto, detalhado e atualizado, uma leitura obrigatória para quem pretende seguir os passos na fascinante estrada da Filogenia Molecular” [Profa. Dra. Grazielle Gomes - IECOS, UFPA].

DEDICATÓRIA – 5
PREFÁCIO DA 3ª EDIÇÃO – 15
PREFÁCIO – 19

CAPÍTULO 1 - MANIPULAÇÃO DE SEQUÊNCIAS
1.1 CONSIDERAÇÕES GERAIS – 21
1.2 BIOEDIT – 23
1.3 CLUSTALO – 25
1.4 PHYDE – 26
1.5 SEAVIEW – 29
1.6 GBLOCKS – 30
1.7 MAFFT – 34
1.7.1 ALTERNATIVAS MAIS RÁPIDAS – 34
1.7.2 ALTERNATIVAS MAIS LENTAS (>200 SEQUÊNCIAS) – 35
1.7.3 ALTERNATIVAS MAIS LENTAS E ACURADAS (<200 SEQUÊNCIAS) – 35
1.7.4 USO DO MAFFT “ONLINE” – 36

CAPÍTULO 2 - FORMATOS DE ENTRADA
2.1 INTRODUÇÃO – 37
2.2 MODOS DE CONVERSÃO – 40
2.2.1 FASTQ -> FASTA – 40
2.2.2 FASTA -> NEXUS USANDO PAUP* – 42
2.2.3 NEXUS -> OUTROS FORMATOS UTILIZANDO PAUP – 45
2.2.4 FASTA-> TNT UTILIZANDO PAUP – 46
2.2.5 NEXUS -> TNT MANUALMENTE – 47
2.2.6 OUTROS PROGRAMAS – 47

CAPÍTULO 3 - QUALIDADE DOS DADOS
3.1 VERIFICAÇÃO DE SATURAÇÃO – 51
3.2 VERIFICAÇÃO DO SINAL FILOGENÉTICO – 55
3.2.1 TESTE DE PERMUTAÇÃO (PTP) – 56
3.2.3 TESTE G1 – 58

CAPÍTULO 4 - MODELOS DE SUBSTITUIÇÃO NUCLEOTÍDICA
4.1 TIPOS DE MODELOS – 61
4.1.1 JUKES & CANTOR (JC) – 62
4.1.2 KIMURA 2 PARÂMETROS (K2P) – 63
4.1.3 TAMURA – 63
4.1.4 HKY85 – 63
4.1.5 GTR – 64
4.1.6 LOGDET OU PARALINEAR – 64
4.2 ESCOLHA DO MODELO EVOLUCIONÁR1O – 64
4.2.1 JMODELTEST – 65
4.2.2 MODELGENERATOR – 69
4.2.3 MRAIC – 72
4.2.4 MRMODELTEST – 74
4.2.5 KAKUSAN E AMINOSAN – 75
4.2.5.1 ESCOLHA DO MODELO EVOLUCIONÁRIO PARA MRBAYES – 76
4.2.5.2 ESCOLHA DO MODELO EVOLUCIONÁRIO PARA PHYML – 81
4.2.5.3 ESCOLHA DO MODELO EVOLUCIONÁRIO PARA RAXML – 83
4.2.6 PARTITION FINDER – 84
4.2.7 PAUP* – 88

CAPÍTULO 5 - MÉTODOS DE CONSTRUÇÃO DE ÁRVORES FILOGENÉTICAS
5.1 MÉTODOS BASEADOS EM DISTÂNCIAS – 89
5.1.1 UPGMA – 89
5.1.2 EVOLUÇÃO MÍNIMA (ME) – 92
5.1.3 AGRUPAMENTO DE VIZINHOS (NJ) – 92
5.2 MÉTODOS BASEADOS EM CARÁTER – 93
5.2.1 MÁXIMA PARCIMÔNIA (MP) – 93
5.2.2 MÁXIMA VEROSSIMILHANÇA (ML) – 101
5.2.3 INFERÊNCIA BAYESIANA (IB) – 103
5.3 MÉTODOS DE BUSCA DE ÁRVORES – 107
5.3.1 BUSCA EXAUSTIVA – 107
5.3.2 “BRANCH AND BOUND” – 107
5.3.3 BUSCA HEURÍSTICA – 108
5.3.3.1 ADIÇÃO GRADUAL – 109
5.3.3.2 DECOMPOSIÇÃO EM ESTRELA – 109
5.3.3.3 REARRANJO DOS RAMOS (“BRANCH SWAPPING”) – 109

CAPÍTULO 6 - PAUP4*
6.1 CONSIDERAÇÕES GERAIS – 111
6.2 CALCULANDO MODELO EVOLUCIONÁRIO EM PAUP* - 120
6.3 MATRIZ DE DISTÂNCIAS – 124
6.4 ÁRVORE DE NJ – 125
6.5 ÁRVORE DE EVOLUÇÃO MÍNIMA – 133
6.6 ÁRVORE DE QUADRADOS MÍNIMOS – 135
6.7 BLOCOS DE COMANDOS EM PAUP* – 137
6.7.1 BLOCO PARA ÁRVORE DE EVOLUÇÃO MÍNIMA – 137
6.7.2 BLOCO PARA ÁRVORE DE QUADRADOS MÍNIMOS – 139
6.7.3 BLOCO PARA ÁRVORE DE AGRUPAMENTO DE VIZINHOS – 139
6.8 MÉTODO DA MÁXIMA PARCIMÔNIA – 141
6.8.1 BUSCA DA ÁRVORE MAIS PARCIMONIOSA – 141
6.8.2 ANÁLISE DE BOOTSTRAP E JACKKNIFE – 151
6.8.3 ATRIBUIÇÃO DE PESOS EM PARCIMÔNIA – 156
6.9 MÁXIMA VEROSSIMILHANÇA – 158
6.10 OUTROS USOS DE PAUP* – 162
6.10.1 ESTIMATIVA DE CONSENSO – 162
6.10.2 ÍNDICE DE DESCAIMENTO DE BREMER – 163
6.10.2.1 USANDO AUTODECAY & PAUP* – 164
6.10.2.2 USANDO PRAP2 & PAUP* – 167
6.10.3 “RATCHET PARSIMONY” – 171
6.10.4 TESTE DE KISHINO-HASEGAWA (KH) E SHIMODAIRA-HASEGAWA (SH) – 173
6.10.5 TESTE DE TEMPLETON – 179
6.10.6 TESTE DO “BOOTSTRAP” PARAMÉTRICO (SOWH - SWOFFORD-OLSEN-WADDELL-HILLIS) – 183
6.10.7 TESTE DO RELÓGIO MOLECULAR GLOBAL – 192
6.10.8 TESTE DO RELÓGIO MOLECULAR LOCAL – 195

CAPÍTULO 7 - TNT (TREE ANALYSIS USING NEW TECHNOLOGY)
7.1 ARQUIVO DE ENTRADA – 203
7.2 ANÁLISE DE PARCIMÔNIA SIMPLES – 203
7.3 ANÁLISE DE “BOOTSTRAP” E JACKKNIFE – 207
7.3.1 SINTAXE DO COMANDO PARA BOOTSTRAP E JACKKNIFE – 207
7.3.2 USANDO TNT PARA CÁLCULO DO BOOTSTRAP E JACKKNIFE – 208
7.3.3 USANDO TNT COM O BLOCO DE COMANDOS “BOOTSTRAP.RUN” – 209
7.4 SUPORTE DE BREMER – 211
7.5 “USANDO SCRIPTS” – 212

CAPÍTULO 8 - PACOTE DE INFERÊNCIA FILOGENÉTICA (PHYLIP)
8.1 FORMATO DE ENTRADA – 216
8.2 MÁXIMA PARCIMÔNIA – 216
8.3 MÉTODOS DE DISTÂNCIA – 218
8.4 MÁXIMA VEROSSIMILHANÇA – 220
8.5 MEDIDAS DE SUPORTE - “BOOTSTRAP” – 222
8.6 PHYLIP NA INTERNET – 226

CAPÍTULO 9 - PHYML (PHYLOGENETICS MAXIMUM LIKELIHOOD)
9.
1 ARQUIVO DE ENTRADA DE DADOS – 227
9.2 USANDO PHYML – 228
9.3 USANDO KAKUSAN PARA CALCULAR O MODELO EVOLUCIONÁRIO – 229

CAPÍTULO 10 - RANDOMIZED AXELERATED MAXIMUM LIKELIHOOD (RAXML)
10.1 FORMATO DE ENTRADA E TIPOS DE DADOS – 233
10.1.1. BINÁRIOS (0 E 1) – 233
10.1.2. DNA – 234
10.1.3. PROTEÍNA – 234
10.1.4. CARACTERES COM MÚLTIPLOS ESTADOS (0,1,2,3..) – 234
10.1.5. DNA E PROTEÍNA – 234
10.2 USANDO RAXML – 235
10.2.1 UTILIZANDO RAXML COM DADOS BINÁRIOS – 235
10.2.2 UTILIZANDO RAXML COM DNA – 237
10.2.3 O CASO DA ANÁLISE DE VÁRIOS GENES – 239
10.3 USANDO RAXMLGUI – 245

CAPÍTULO 11 – MRBAYES
11.1 PARÂMETROS DO PROGRAMA MRBAYES – 247
11.1.1 COMANDO “SET” – 247
11.1.2 COMANDO “LSET” – 248
11.1.3 COMANDO “PRSET” – 251
11.2 CONFIGURAÇÃO DAS CADEIAS MARKOVIANAS – 254
11.2.1 COMANDO “MCMCP” – 254
11.2.2 COMANDO “MCMC” – 256
11.2.3 OS COMANDOS “SUMP” E “SUMT” – 256
11.2.4 EXEMPLOS DE BLOCOS DE COMANDOS – 257
11.3 UTILIZANDO OS FATORES DE BAYES – 272
11.4 USANDO O MÉTODO DO “STEPPINGSTONE SAMPLING” – 274
11.5 ESTIMATIVA DO TEMPO DE DIVERGÊNCIA – 276
11.5.1 DATAÇÃO DO NÓ – 276
11.5.2 DATAÇÃO TOTAL – 280

CAPÍTULO 12 – BEAST
12.1 ANÁLISE FILOGENÉTICA SIMPLES – 282
12.2 ESTIMANDO TEMPO DE DIVERGÊNCIA – 290
12.3 ESTIMANDO ÁRVORE DE ESPÉCIES DE LOCOS MÚLTIPLOS – 299

CAPÍTULO 13 - PHYLOGENETIC ANALYSIS BY MAXIMUM LIKELIHOOD (PALM)
13.1 INTRODUÇÃO – 305
13.20 PROGRAMA MCMCTREE (M2CT) – 306
13.2.1 ESTIMATIVA DA TAXA DE SUBSTITUIÇÃO GLOBAL (RGENE_GAMMA); - 308
13.2.2 ESTIMATIVA DO GRADIENTE E HESSIAN – 309
13.2.3 ANÁLISE DE MC2T – 312
13.2.4 O CASO DOS PRIMATAS – 316

CAPÍTULO 14 – GLOSSÁRIO – 323
REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS - 329


Autor: Horacio Schneider
Ano: 2017
Número de Páginas: 351
Tamanho: 14 x 22 cm
Editora: Chiado
Acabamento: Brochura
ISBN: 978-989-52-1149-4
Prazo de entrega
Prazo de entrega: Sedex de 03 a 05 dias úteis e PAC de 05 a 15 dias úteis
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